PYTHON AS A TOOL FOR GENOME-SCALE METABOLIC MODEL RECONSTRUCTION AND ANALYSIS

Аңдатпа

Өткізу қабілеті жоғары технологиялардың шығындарының төмендеуі omics деректер жиынтығының қол жетімділігінің артуын ескеретін деректерді талдау әдістерін жасауға әкелді. Бұл әдістің мысалы-шектеулерге негізделген геномдық масштабтағы метаболикалық модельдеу. Ол метаболикалық ағындардың стационарлық таралуын сипаттау үшін, omics деректерін біріктіру үшін қолданылатын биохимиялық желілерді пайдаланатын құрылым. Осылайша, сызықтық бағдарламалау арқылы шешуге болатын масса балансының теңдеулер жүйесі құрылады. Бүгінгі таңда геномды шектеуге негізделген модельдеу бағдарламалық жасақтамасының көпшілігі танымал меншікті бағдарламалау тілі MATLAB-қа негізделген. Алайда, Matlab omics деректер жиынтығын біріктіру және метаболизмнен тыс күрделі биологиялық процестерді модельдеу кезінде қиындықтарға тап болады. Керісінше, Python, объектіге бағытталған ашық бастапқы бағдарламалау тілі - бұл мәселелерді шешудің ең жақсы таңдауы. Ол салыстырмалы түрде қарапайым синтаксиске ие, кең қауымдастықты ұсынады және omics деректер жиынтығының үздіксіз интеграциясын қамтамасыз етеді. Осы факторлардың арқасында Python шектеулерге негізделген геномдық масштабтағы метаболизмді модельдеудің жақсы құралы болып табылады. Бұл шолудың мақсаты-шектеулерге негізделген геномдық масштабтағы метаболикалық модельдеуге арналған Python негізіндегі құралдарға кіріспе және жүйелі шолуды ұсыну. Біз бағдарламаны орнаттық, тексердік және шолуда сипатталған әрбір құралды қолдануға тырыстық. Біз әр құралды үш санаттың біріне топтастырдық (геномдық метоболиткалық модельдеу және техникалық қызмет көрсету, фенотипті модельдеу немесе бейнелеу бағдарламалық жасақтамасы) және қажет болған жағдайда құрал мен тұжырымдамаға егжей-тегжейлі түсініктеме бердік.